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(阳光下的稻草人)
(猫将军赵相姬)
第三方登录:  在甲基化研究中,研究人员常常利用甲基化特异PCR(MSP)来拷问CpG岛内特定序列的甲基化状态。这是一种快速经济的方法,只要有PCR仪的实验室都能开展。原理也很简单。首先,利用亚硫酸氢钠将未甲基化的胞嘧啶脱氨基,将其转化成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不变。随后对处理过的DNA开展两个PCR反应。一个反应利用U引物对来扩增原先未甲基化的模板;而另一个反应则利用M引物对来扩增原先甲基化的模板。
这一研究中,引物设计很关键。据约翰霍普金斯医院的肿瘤学教授James Gordon Herman介绍,大部分人都是栽在这一步。Herman可不是别人。他1996年在PNAS上发文,首次引入这一技术。以下是Herman关于MSP引物设计的一些建议。
为亚硫酸氢盐转化的模板设计引物
不要先设计引物,然后再转化它们。这听上去理所当然,但你需要记住,当C转化成U时,DNA链不再互补。Herman谈道:“为正义链设计的引物不同于反义链。很多人在画出来之后才明白这一点。”
确保目标序列中有非CpG的C
Herman认为,目标序列中应有非CpG的C,因为它们不会被甲基化。“如果你没有足够的C位于非CpG内,那么未转化的DNA和甲基化的DNA看上去会差不多。”
以6-7个CpG为目标
Herman在这些年开展了大约5000个MSP。他发现,与基因表达和基因沉默相关的是两个引物之间的4-8个CpG,以6-7个最为理想。如果低于这个,那么特异性会降低。你会得到非特异性的扩增,因为它区分度不够。
让目标短一点
亚硫酸氢盐转化的过程会损伤模板DNA,因此尝试扩增较小的片段(小于150 bp),将得到最佳的结果。如果你通过电泳来运行产物,那么确保你能够将M引物的产物与U引物的分开。若你开展实时定量研究,要在引物之间留出探针的位置。
遵守PCR的原则
PCR引物设计的所有原则也适用于MSP。例如,引物的退火温度要相当,引物之间不要形成二聚体,是目标序列特异的。如果可以的话,将M引物和U引物设计成相同的条件,这样可同时运行。此外,还有一些需要注意。将胞嘧啶转化成尿嘧啶,会降低复杂度,也降低退火温度,这意味着MSP通常需要更长的引物,来实现相同的特异性。
使用适当的程序
PCR引物当然可以手动设计,但考虑到MSP的复杂性,有软件帮忙当然会轻松很多。Herman的实验室开发出一款名为MSPprimer的应用程序,可专门为MSP设计引物。MSPprimer融入了标准PCR的考虑因素,以及亚硫酸氢盐特异性,确保你不会扩增未转化的DNA。同时它还具有甲基化特异性,确保你真正区分甲基化和未甲基化的CpG。
研究人员通常会研究CpG岛的甲基化状态,因为它与基因功能相关。如果在某种疾病状态下有个基因严重甲基化,那么说明此基因有可能参与了疾病发展。因此,Herman的最后一个建议是关注对生物学很关键的区域。“你可以设计任何区域的引物,但如果它不能调控基因功能或基因表达,那似乎意义不大。”(生物通 薄荷)
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联系信箱:msp430编程问题,,,这个句子不理解_百度知道
msp430编程问题,,,这个句子不理解
5和P1.6任一为低,点亮LED灯能解释下为什么呢if(P1IN&(BINT5+BINT6)) !=(BINT5+BINT6))
P2OUT|=BIT0;//若P1
我有更好的答案
1IN是P1口的输入寄存器,也就是P1.5和P1.6中只要有一个不为1时P1IN&(BIT5+BINT6)就不会等于(BIT5+BINT6),那这个时候就会执行if条件下的语句将P2,其他位都置为零,P1IN&(BIT5+BINT6)则是保持P1IN中BIT5和BIT6的值不变.0拉高,那么这个时候只有当P1IN中的BIT5和BIT6均为1时P1IN&(BIT5+BINT6)才会等于(BIT5+BINT6)
采纳率:86%
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