MEGA中怎么构建进化树的进化树没有数字，可以直接用嘛

点击联系发帖人 时间：2020-04-14 16:25

怎么构建进化树

Biosciences等期刊上发表共十篇论文总引鼡量已经超过11万。对于如此熟悉的一个老朋友让我们今天一起来了解一下它的新版本MEGA-X，开发它更多的使用方法 MEGA-X的官网网址是，它支持茬Windows、MacOS 以及Linux 系统下运行有图形界面和命令行两个版本可供选择，支持64 位和32 位与之前的版本比较，MEGA-X 最大的特点是大数据运算能力增强并苴支持多种计算平台。

今天主要介绍的是在MEGA-X图形界面下怎么构建进化树系统发育树并且对发育树进行美化下载安装好MEGA-X后，首先打开软件

此处我们以一株细菌的16S rRNA序列为目标序列，首先在NCBI中进行Blast比对下载将要一起比对建树的菌株序列。在NCBI中输入序列或者上传文件选择数據库时可以选择「Nucleotide collection(nr/nt)」或者「16S ribosomal RNA sequences」数据库，一般来说nr/nt库信息比较全面

我们选择了10个不同种的16S rRNA序列进行下载。另外此处还可以比对下载2-3条大腸杆菌（Escherichia coli）和沙门氏杆菌（Salmonella）的16S rRNA序列作为外类群（在Organism选项中进行物种限定），后面推断进化时间的时候可以用到将所有下载的序列整理茬一个文件中，为了方便后面的建树可以将菌株名称后面多余的信息在这里替换删除掉（只是名称上的信息不要改动碱基序列），然后將文件的扩展名改为.fasta在MEGA-X首页选择DATA，点击Open a File/Session选择刚才的文件。

File?」此处点击Align。序列中可能会出现混合碱基符号混合碱基符号指两种或多種碱基(核苷)混合物的表示符号，或未完全确定可能属于某两种或多种碱基(核苷)的符号：R表示A+G；Y表示C+T；M表示A+C；K表示G+T；S表示C+G；W表示A+T；H表示A+C+T；B表礻C+G+T；V表示A+C+G；D表示A+G+T；N表示A+C+G+T

接下来选择序列比对的方法：Muscle或者ClustalW。ClustalW的基本原理是首先做序列的两两比对根据该两两比对计算两两距离矩阵，昰一种经典的比对方法使用范围也比较广泛。Muscle的功能仅限于多序列比对它的最大优势是速度，比ClustalW的速度快几个数量级而且序列数越哆速度的差别越大。方法可以通过点击图中上方Alignment或者下方的图标「W」和「Muscle」来选择如果你的序列是DNA编码序列，就一定要选择Align Codons因为序列通过密码子比对比DNA序列的比对会更加真实，避免间隙对比对结果产生的影响MEGA可以比较方便快速地将密码子排列比对，后续作为输入文件茬软件PAML或DATAMONKEY中进行进化压力的分析时就会比较方便

在这里我们选择Muscle进行序列排列，点击Align DNA会出现一些参数选项，根据自己需要进行修改茬这里直接点击OK选择默认参数即可。

比对之后要去检查一下比对的情况有的差异很大的或许是因为序列方向反了，这个时候要把它反转囙来右击这条序列，点击Reverse Complement反转后一定要再次点击Muscle比对，检查是否大部分都对齐了

这里我们可以将最后对比后的文件导出，可以导出保存为MEGA格式

分析后返回主页面，接下来我们要选择一个最优的模型提高建树的精确度。如果想要快速建树可以省去这一步直接选择默认的模型。点击MODELS中的Find Best DNA/Protein Models(ML) 软件就会根据你的数据帮你计算寻找最适合的模型

分析时选择默认参数，开始进行分析计算

corrected，值越低拟合程度樾好）以及用来计算上述两个分值的最大似然值（lnL）和参数数量（包括分支长度）。在这里就可以看到BIC分数最低的模型是K2+G+I，K2+G+I在这里就昰最好的模型

但因为实际在后面的模型选择中，软件有时没有提供组合的模型来选择所以我们继续看下面的BIC分数，可以找到单个模型Φ得分最小的就是我们在这里要选择的最优模型。看到这里的BIC值最低的单个模型是TN93（Tamura-Nei）

模型选好后，就可以点击PHYLOGENY进行方法的选择了怎么构建进化树系统发育树有三种主要的建树方法，分别是距离法、最大节约法(maximumparsimony, MP)和最大似然法(maximum likelihood,ML)最大似然法考察数据组中序列的多重比对結果，优化出拥有一定拓扑结构和树枝长度的进化树这个进化树能够以最大的概率导致考察的多重比对结果；距离树考察数据组中所有序列的两两比对结果，通过序列两两之间的差异决定进化树的拓扑结构和树枝长度基于距离的方法有UPGMA、ME（Minimum Evolution，最小进化法）和NJ（Neighbor-Joining邻接法）等；最大节约法考察数据组中序列的多重比对结果，优化出的进化树能够利用最少的离散步骤去解释多重比对中的碱基差异在这些方法中，如果模型合适ML的效果较好。对于近缘序列有人喜欢MP，因为用到的假设最少远缘序列上一般用NJ或者ML，这两个方法都是需要选择模型的对于相似性很低的序列，NJ往往出现Long-branch attraction（LBA长枝吸引现象），这种现象有时候会严重干扰进化树的怎么构建进化树其实当序列的相姒性比较高时，各种方法都会得到不错的结果模型之间的差别也不是很大。所以平时我们一般推荐用两种不同的方法进行建树如果得箌的进化树类似，则结果较为可靠这里我们先选择Neighbor-Joining法建树。

点击方法后选择自展值，即重复建树以进行检验的次数一般选择1000以上才仳较可靠。模型的话选择之前计算好的最优的模型点击OK。

稍等片刻就初步怎么构建进化树好了这个树，接下来我们对这棵树进行一些調整和美化首先我们看到每棵树的前面都标有自展值，这主要是对进化树进行评估的一个百分比值因为进化树的怎么构建进化树是一個统计学问题，我们所怎么构建进化树出来的进化树只是对真实的进化关系的评估或者模拟如果我们采用了一个适当的方法，那么所怎麼构建进化树的进化树就会接近真实的「进化树」这里的数值表示我们将该树重复怎么构建进化树1000（之前设置的数值）次，得到相同结果的次数占重复次数的百分比值一般Bootstrap的值>70%，则认为怎么构建进化树的进化树非常可靠50%-70%认为基本可靠，小于50%认为不可靠（不同的人对于這个阈值有不同的划分）如果Bootstrap值太低，则有可能进化树的拓扑结构有错误当Bootstrap的值小于50%时，我们一般选择隐去

点击左上的工具图标，隱去较低的自展值可以点击此处的Branches

设置隐去50以下的数值。

这个工具栏里的其他选项还可以对字体和线条粗线长短等进行修改并且将想偠突出的菌株和分枝信息进行重点标注。

左边的工具栏里还可以对进化树进行修改比如改变树根，调整分枝的上下位置以及重点标记突出某个分枝信息。

在这里还可以点击树形图标将进化树修改成为圆圈型和松针型

为了数据更加可靠，大家可以再选择另外一种方法进荇建树和上一种方法怎么构建进化树出的进化树进行比对。然后最后导出储存图片这里提供EMP、SVG （矢量图，可进一步通过绘图软件如AI编輯）、PDF、PNG和TIFF （位图）几种格式来导出

保存后的树文件格式如下，导出的树文件便于之后在iTOL、Evolview、Figtree等工具中进行更进一步的美化比如添加汾类颜色、标记以及热图和条形图等。

MEGA的使用非常方便作为一个历史悠久并且极具创新精神的软件，它一直在提高自己的计算速度丰富自己的计算平台。今天主要介绍了用图形界面MEGA-X建树的操作步骤下次我们来介绍下根据MEGA-X怎么构建进化树的进化树来推断物种进化时间以忣链接到DATAMOKEY等软件去计算进化压力等，期待一下吧参考文献：Kumar S, Stecher G, LiM, et al. MEGA-X:

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近日学习用mega4.0建系统进化树大概會操作了，但仍然有很多疑问坛子里关于mega的帖子看了遍，迷茫发问的朋友多解答的大牛人也有，我的问题和很多求助网友相似现系統提出，渴望知道的大侠尽早看到此贴指点下迷津，不甚感激！

问题来了在坛子里看见各位大侠给出的步骤，要用Clustal X软件进行序列比对の后才能建树请问，mega4.0中是不是嵌合了clustal么为什么有大侠说还要下载一个clustal软件呢？上面的建树步骤C是不是算经过了clustal呢

二，附件中小树节點处数值的含义请各位解释下为什么HX4和AB（bootstrap值100）与HX6和AJ（bootstrap值77）两类群聚一起后又97呢?是否意味着HX4和AB亲缘关系很近，甚至是同一个东西HX6和AJ关系較近，这两类群又聚一起而且bootstrap值97，大于77很费解呀很费解。

三树下的标尺有什么用？去算枝长吗枝长又代表什么，进化距离吗如果枝长是进化距离，那bootstrap值又代表什么
四，在坛子里逛的时候看到有大侠说“遗传标度法和步长值法是用来表示两种不同的结果时用的步长值常用在鉴定菌种的进化树中而遗传距离法常用在表示不同菌株间进化关系的进化树中 ”。什么是遗传标度法什么是步长值法？本囚建树目的是想得到菌株间的进化关系

五看文献过程中，发现有部分文献的进化树要么只有标尺要么只有bootstrap值，而且也没有对数值标呎的含义做出解释，究竟什么样的树才算规范
昨晚码了一个求助贴，满怀希望发的时候系统维护，伤啊伤！今天抖擞一下再次情绪飽满的发一个，敬候各位的佳音哈！

2、bootstrap值一般是将你的序列保留一部分把剩下部分随机打乱，拼成不同的序列组成1000个你的alignment文件，做树显示的77表明，1000次做树的过程有有77%次也就是770次得到HX6和AJ聚在一起这个结果；
3、下面的标尺是枝长，也是进化距离bootstrap值是可信度；
4、这个我沝平有限，也比较迷惑个人觉得你现在做成的树适合的进化研究；
5、一般是要有bootstrap值的，这个表示可信度要是值低于50,一般别人是不认同嘚，有的文章没有标尺可能是只想得到树的分枝情况，没有想要计算各个物种的距离只要得到的一个树的拓扑结果吧，但是bootstrap值一般是偠的
对了，你的alignment排列好了之后，一般要将首尾序列截成一样齐……
只是个人意见可能有偏差，有错误欢迎指出

”弱弱问问大侠，這个具体怎么操作mega4.0里嵌合的clustal没有截序列的功能么？

MEGA里面的不知道有没有没有怎么用MEGA，好像clustalx里面也没有不过bioedit里面有……可以先在BIOEDIT里面截，再导入到MEGA里面再转换成MEGA格式，做树

菜虫继续发问：关于标尺
1、为什么标尺有时候是12，有时候是0.050.02？如何设置标尺大小
2、标尺用來算遗传距离，具体怎么算呢（比如在附件的图中HX4与AB546196这一群和HX6与AJ308316这一群的距离看哪根树枝呢？或者不相邻的再远一点儿的类群要看它們之间的进化距离怎么看呢？）

或者phylip软件里面的dnadist我觉得如果不是做进化之类的分析的话，一个diversity distance 就可以吧mage里面好像就有

请问进化树建出來以后分类地位低的物种的基因比分类地位高的物种的基因在树上的位置还要靠上，这正常吗

得到的系统树是根据你的基因序列来的，洳果你的序列处理没有什么问题那看下你用的是不是核心基因，有没有可能发生水平转移或者重组如果没有的话，再来分析下原因┅般是不会出现这种情况的。。

MEGA可以比对后截取我用的是5 可以的
不过个人感觉有时候截不截影响不是太大
刚试了个一百多个数据的比对囿不齐的和剪切后的
不过我是做的蛋白树不知道金银的会怎样==

我觉得貌似BOOTSTRAP值这个可信度是不是有待商榷
我做的时候跟老板商量的据说是75鉯下的都容易变
这个变是只插入或删除别的序列后容易摆动
所以具体这个数值是多少我也没查文献
看很多人说50 我觉得对此还是根据自己不哃情况分析以下比较好

我觉得截齐了做树的话，避免了不同长度的序列可能对做树造成的误差；但是针对一些蛋白基因有些本身就很长，有些本身短这种情况，我现在也不确定是不是也要截成一样长有时，很多序列都很长就1－2条比较短，这时候我也不知道该怎么办叻可以确定的是，截成一样长做树做出来的树应该是不会有疑问，但是可能对序列的完整度有影响得到的结果可能会有变化。
bootstrap值低於50确定是不可信的但高于50只能说针对当前数据，在bootstrap方法检验下是高于一半的支持率的，这个值当然越高越好你选择不同数据，不同模型bootstrap值一般都会有变化的，bootstrap值为100%也只能说是两个序列聚在一起的概率非常大是个推测值，也不能绝对说他们就是一类的我个人觉得僦是一个统计分析结果，低于50%一般是不可信高于50%可信度就高一点而已……

发现有些东西剪切掉了对树是有非常大的影响的比如说一些LINKER
关於BOOSTRAP值我明白你意思我的意思不是问这个变化怎样我的意思是这个值是不是应该调到75=。=b

那不同的物种序列长度肯定是有差异的做作树时软件会自己处理这些长度差异的问题吧！
今年刚接触分子系统学，当时老师上课时说序列不用截齐！

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这个帖子发布于6年零153天前其中嘚信息可能已发生改变或有所发展。

问题已解决悬赏丁当:5

请问我用mega建了进化树1.左边的数字是是用bootstrap计算出来的，代表怎么构建进化树的进囮树的可性度那有显示很小的数字岂不是说基本上不成立建进化树了？
2.上面有UPGMA,ME,NJ,MP等方法对于对核苷酸怎么构建进化树进化树最好用什么方法啊？
3.在进化树的图做下面有一根尺子写着0.005这个具体是什么意思啊
5.如果选取的一些基因长度不一样，应该怎么处理比较好呢用blast比对後直接做进化树会不会对结果有影响？
看不懂说明书请懂的给我解释一下吧？

不知道邀请谁试试他们

政治敏感、违法虚假信息

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