1.什么是SNP? 2.SNP的分类 3. SNP的检测方法
SNP SNP:
Single nucleotide polymorphism 个体间基因组DNA序列同一位置单个核苷酸变异(替换、插入或缺失)所引起的多态性。 SNP 基因编码区SNPs（cSNPs）
基因周边SNPs（pSNPs）
基因间SNPs（iSNPs） 同义cSNP(synonymous cSNP)
非同义cSNP(non-synonymous cSNP) 2.SNP的分类 SNP的检测方法 测序法 酶切法 荧光PCR法 DNA芯片法 质谱法 针对目标SNP位点，直接设计合适引物扩增得到含突变位点的PCR产物，经序列测定得到位点信息，属SNP分析的金标准。
SNP-HRM（High Resolution Melt）熔解曲线分析技术
检测技术原理： 在一定的温度范围内将PCR扩增的产物进行变性，期间实时检测体系内荧光信号。荧光值随着温度变化，可绘制溶解曲线。 纯合子的扩增曲线 杂合子的扩增曲线 EST 1.什么是EST 2. EST的技术路线 3. EST的应用 4. EST的测序及分析过程 EST EST (表达序列标签,Expressed Squence tags)是从一个随机选择的cDNA 克隆进行5’端和3’端单一次测序获得的短的cDNA 部分序列,代表一个完整基因的一小部分,在数据库中其长度一般从20 到7000bp 不等,平均长度为360 ±120bp 。EST 来源于一定环境下一个组织总mRNA 所构建的cDNA 文库,因此EST也能说明该组织中各基因的表达水平。
上个世界90年代Graig Venter提出了EST的概念，并进行了609条人脑组织的EST，宣布了cDNA大规模测序的时代的开始（Adams
et al..1991） AAAAAA AAAAAA mRNA Primer/Reverse transcriptase 获取EST的技术路线 5’ staggered length cDNAs due to polymerase processivity Cloning
and sequencing cDNAs 3’ EST 5’EST An overview of how ESTs are generated
ESTs are generated by sequencing cDNA, which itself is synthesized from the mRNA molecules in a cell. The mRNAs in a cell are copies of the genes that are being expressed. mRNA does not contain sequences from the regions between genes, nor from the non-coding introns that are present within many interesting parts of the genome. 生化标记 生化标记包括同工酶和等位酶标记。（以酶作为标记）同工酶是指一个以上基因座位编码的酶的不同形式，而等位酶是指由一个基因座位的不同等位基因编码的酶的不同分子形式。分析方法是电泳和组织化学染色法将酶的多种形式转变成肉眼可辩的酶谱带型。
生化标记具两个方面的优点：一是表现近中性，对生物经济性状一般没有大的不良影响；二是直接反映了基因产物差异，受环境影响较小。
生化标记的应用有限：一是可用标记数量少，二是染色方法和电泳技术有一定难度。 分子标记 分子标记指能反映生物个体或种群间基因组中某种差异特征的DNA片段，它直接反映基因组DNA间的差异。分子标记的优越性表现为： （1）直接以DNA的形式表现，在生物体的各个组织、各个发育阶段均可检测到，不受季节、环境限制，不存在表达与否等问题；
（2）数量极多，遍布整个基因组，可检测座位几乎无限；
（3）多态性高，自然界存在许多等位变异，无须人为创造；
（4）表现为中性，不影响目标性状的表达；
（5）许多标记表现为共显性的特点，能区别纯合体和杂合体。 分子标记的三个阶段 随着分子生物学技术发展和研究水平的深入，分子标记的发展经历了三个阶段，也称为三代DNA分子标记。
第一代分子标记：RFLP;RAPD;AFLP；mtDNA分子标记
第二代分子标记：微卫星（ms）(微卫星DNA)；ISSR
第三代分子标记：SNP(单核苷酸多态性)；EST 目前的分子标记类型 目前的分子标记有三类： 第一类是以分子杂交为核心的分子标记技术，包括RFLP、DNA指纹技术（DNA Fingerprinting）、原位杂交（in}

植物RAPD（随机扩增多态性DNA）分析技术_生物探索
2010-03-24 21:16 · CheneyRAPD（Randomly Amplified Polymorphic DNA），意为随机扩增多态性DNA，是利用PCR技术进行随机扩增，把扩增的DNA片段进行琼脂糖凝胶电泳，根据DNA条带的多态性来反应模板DNA序列上的多态性。RAPD同AFLP、SSR等分子标记一样都基于PC
RAPD（Randomly Amplified Polymorphic DNA），意为随机扩增多态性DNA，是利用PCR技术进行随机扩增，把扩增的DNA片段进行琼脂糖凝胶电泳，根据DNA条带的多态性来反应模板DNA序列上的多态性。RAPD同AFLP、SSR等分子标记一样都基于PCR扩增，只是RAPD分析只需要一个引物，其引物长度一般为10个核甘酸，其序列是随机的，不同核甘酸序列的引物均有商品出售。
单引物扩增是通过一个引物在两条DNA互补链上的随机配对来完成。由于基因组DNA的差异，使引物与模板的结合位点及这些位点之间的距离不同，使PCR扩增后的片段大小表现出多态性。在基因组DNA分子内可能存在或长或短被间隔开的颠倒重复序列，如果这些序列与引物能碱基配对，则在两条单链上就会出现该引物的结合位点，结合位点的数量取决于这种重复序列的多少。不同DNA分子中这种颠倒重复序列间隔的长短不同，扩增条带的大小就不同，即表现出多态性。
10碱基引物理论上有 410 种组合，不同引物检测的模板序列不同，用足够多的引物可覆盖基因组全序列，检测位点多，可以在完全不知道分子生物学背景的情况下对基因组进行分析，是研究植物系谱关系、起源与进化、遗传多样性及分子标记辅助育种的简单易行的方法；此外，外源基因转化后，转基因植株与非转基因植株相比，外源基因插入的部位导致基因组DNA序列不同或重排，当引物适宜时，扩增条带的长短就会不同，RAPD技术可以检测出对照植株和转化植株PCR产物带型的区别。
由于随机引物短，与模板结合的退火温度低，易出现碱基错配，因此在实验中要严格操作程序及条件，使RAPD分析的结果较为稳定。因其费用较低，方便易行，模板DNA用量少，不需要同位素，安全性好，继RFLP之后得到广泛应用；且操作上比AFLP、SSR等分子标记较为简便易行，因此，多数种类的栽培植物在资源多样性、分子标记等方面都有大量RAPD的研究报道。
本实验目的是学习RAPD技术的原理，掌握RAPD的操作及分析方法。
一、试材及用具
试材:植物基因组DNA。
用具:PCR仪，1μL、10μL、20μL、100μL微量移液器及吸管，PCR管（200μL或500μL）及管架，1.5 mL离心管及管架，离心机，记号笔，磁力搅拌器，高压灭菌锅，电泳仪，电泳槽，电炉，三角瓶，紫外透射仪、凝胶成像系统。
药品:10 核苷随机引物、dNTP、琼脂糖、耐热DNA聚合酶［TagDNA聚合酶，与酶一起的还有两种药品，分别是10× PCR Buffer（500 mmol/LKCL、pH 9.0的100 mmol/L Tris-Cl、1.0%Tritonx关键词：
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