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最近在学习用mega做树，用mega做clustal比对好慢，建树也好慢，十条序列就要好几分钟，关键来了，搞一个e5的机器能不能提速十倍，楼主现在还用的14年的超级本
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如何用&MEGA&构建进化树
编辑：章玉评论：
MEGA 是一个关于序列分析以及比较统计的工具包，其中包括有距离建树法和 MP 建树法；可自动或手动进行序列比对，推断进化树，估算分子进化率，进行进化假设测验，还能联机的 Web 数据库检索。下载后可直接使用，主要包括几个方面的功能软件：i)DNA 和蛋白质序列数据的分析软件。ii)序列数据转变成距离数据后，对距离数据分析的软件。 iii)对基因频率和连续的元素分析的软件。iv)把序列的每个碱基/氨基酸独立看待（碱基/氨基酸只有 0 和 1 的状态）时，对序列进行分析的软件。v)绘制和修改进化树的软件，进行网上blast 搜索。用 MEGA 构建进化树有以下步骤：16S rDNA 测序和参考序列选取从环境中分离到单克隆，去重复后扩增 16S rDNA 序列并测序，然后与数据库http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi 比对，找到相似度最高的几个序列，确定一下你分离的细菌大约属于哪个科哪个属，如果相似度达到百分之百那基本可以确定你分离得到的就是 Blast 到的那个，然后找一到两个同科的，再找一到两个同目的，再找一到两个同纲的细菌，把序列全部下下来，以 FSATA 形式整合在 TXT 文档中，如：参考序列选择有几个原则：a，不选非培养(unclutured)微生物为参比；b，所选参考序列要正确，里面无错误碱基；c，在保证同属的前提下，优先选择 16S rDNA 全长测序或全基因组测序的种；d，每个种属选择一个参考序列，如果自己的序列中同一属的较多，可适当选择两个参考序列。2. 序列比对将整理好的序列导入 clustalx1.83，如图接着：程序自动运行，得出结果，自动输出 .aln 和 .dnd 为后缀的两个文件。序列比对也可以直接用 MEGA 来做。打开程序 MEGA，如下图所示：MEGA3.1 只能打开 meg 格式的文件，但是它可以把其他格式的多序列比对文件转换过来，用.aln 格式（Clustal 的输出文件）转换.meg 文件。点 File:Convert to MEGA Format，打开转换文件对话框，从目的文件夹中选中 Clustal 对比分析后所产生的.aln 文件，点击打开。&转换好的 meg 文件，会弹出一个提示信息，点击 ok。查看 meg 序列文件最后是否正常，若存在 clustal. *行，即可删除。点存盘保存 meg 文件，meg 文件会和 aln 文件保存在同一个目录。&关闭转换窗口，回到主窗口，现在点面板上的“Click me to activate a data file”打开刚才的meg 文件。如果为蛋白质序列，选择“protein sequence”，电击“OK”，得到以下图示，数据输入之后的样子，窗口下面有序列文件名和类型。而在另外一个窗口内，出现以下数据文件点击选择和编辑数据分类图标， 可对所选择的序列进行编辑，完成后点击 close 即可。序列编辑完成后，可进行保存，点击保存后出现以下界面，点击 ok 即可。构建进化树的算法主要分为两类：独立元素法（discrete character methods）和距离依靠法（distance methods）。所谓独立元素法是指进化树的拓扑形状是由序列上的每个碱基/氨基酸的状态决定的（例如：一个序列上可能包含很多的酶切位点，而每个酶切位点的存在与否是由几个碱基的状态决定的，也就是说一个序列碱基的状态决定着它的酶切位点状态，当多个序列进行进化树分析时，进化树的拓扑形状也就由这些碱基的状态决定了）。而距离依靠法是指进化树的拓扑形状由两两序列的进化距离决定的。进化树枝条的长度代表着进化距离。独立元素法包括最大简约性法（Maximum Parsimony methods）和最大可能性法（Maximum Likelihood methods ）； 距 离 依 靠 法 包 括 除 权 配 对 法 （ UPGMAM ） 和 邻 位 相 连 法（Neighbor-joining）。phylogeny→UPGMA用 Bootstrap 构建进化树，MEGA 的主要功能就是做 Bootstrap 验证的进化树分析，Bootstrap 验证是对进化树进行统计验证的一种方法，可以作为进化树可靠性的一个度量。各种算法虽然不同，但是操作方法基本一致。进化树的构建是一个统计学问题。我们所构建出来的进化树只是对真实的进化关系的评估或者模拟。如果我们采用了一个适当的方法，那么所构建的进化树就会接近真实的“进化树”。模拟的进化树需要一种数学方法来对其进行评估。不同的算法有不同的适用目标。一般来说，最大简约性法适用于符合以下条件的多序列：i 所要比较的序列的碱基差别小，ii 对于序列上的每一个碱基有近似相等的变异率，iii 没有过多的颠换/转换的倾向，iv 所检验的序列的碱基数目较多（大于几千个碱基）；用最大可能性法分析序列则不需以上的诸多条件，但是此种方法计算极其耗时。如果分析的序列较多，有可能要花上几天的时间才能计算完毕。参数的设置：phylogeny→bootstrap test of phylogeny→NJ②系统进化树的测试方法，可以选择用 Bootstrap，也可以选择不进行测试。重复次数(Replications)通常设定至少要大于 100 比较好，随机数种子可以自己随意设定，不会影响计算结果。一般选择 500 或 1000。有许多 Model 供选择，默认为 Kimura 2-parameter，不同的 Model 有不同的算法，具体请参考专业的生物信息学书籍。设定完成，点 compute，开始计算。结果输出：这个过程所耗时间和序列的数量和长短成正比，程序就会产生这么一个树，该窗口中有两个属性页，一个是原始树，一个是 bootstrap 验证过的一致树。树枝上的数字表示 bootstrap 验证中该树枝可信度的百分比。 结果如下：8. 进化树的优化：１）利用该软件可得到不同树型，如下图所示：除此之外，还可以有多种树型，根据需要来选择。２）显示建树的相关信息：点击图标 i。３）点击优化图标，可进行各项优化：Tree 栏中，可以进行树型选择：rectangular tree/circle tree/radiation tree。每种树都可以进行长度，宽度或角度等的设定。
（转载请注明出处和)谁能帮我做一个分子进化树和下面这样的序列比对的图我下的mega死活不会用啊我可以提供序列信息
chicken0620
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吝啬 ，我认为应该是在生物的进化过程中，各个时期都有显著的差异相关解答九：MEGA4.1怎么做进化树？ 给你两个链接吧，上面很详细1、图文讲解MEGA4.1建进化树步骤：liucheng.name/603/2、MEGA4的中文使用说明：liucheng.name/612/相关解答十：进化树怎么画啊？ 如果是生物进化的进化树，那就从根部开始画，向上不断分支，注意不需太细致，基本上以门或纲来分就可以了，如果想突出一部分就在向下细化。如果是那种系统进化树，就需选定一个对象，如细胞色素C，通过比对算出进化距离，之后再根据所有的相互距离做出一个树，如果是简单的可以手画，稍微计算设计一下就可以，如果是复杂的，就需用计算机了百度搜索“就爱阅读”,专业资料,生活学习,尽在就爱阅读网,您的在线图书馆
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