德川时期的佛教状况
世纪末到足利幕府掌权，日本社会进入相对的政治安定期。此为室町时代。新佛教运动的涌现在此期间沉寂下来。统治者有鉴于之前阶段的宗教动荡，开始着手整顿佛教。从寺院经济的状况来看，室町时代的佛教庄园经济已经崩溃，不再像以往那样威势逼人。
各个宗派的发展状况：武士阶级所支持的临济禅开始发展壮大——从中国学习来的五山制度已经确立。在鎌仓和京都都有禅宗的五山。鎌仓的五山以建长寺和圆觉寺为中心，京都方面则是南禅寺。梦窗疏石（）是日本五山制度的奠基者。五山制度，原型在中国，五山制度，是禅宗寺院与僧团体系的等级制度的完成，它也带来了当时中国（明代）的文化艺术，比如汉诗和儒学。新的文化源流的引进，使得日本社会中的文化空气活跃起来。当时被称为五山文学。禅宗文化，从建筑和绘画看，以金阁寺和银阁寺为代表。一种纤巧、细腻而敏锐的美学观，在日本流行开来。一时绽放的禅之花朵，当然不止在建筑上，还有庭院、茶道、花道等等艺术形式上，都可以看见自然和质朴见长艺术眼光。禅的文化当然不只是美学意义的，它更是宗教精神的升扬。临济宗的大德寺和妙心寺，在当时也以其严格的修行法，令整个日本为之称叹。佛教的发展，意味着禅的精神进一步向民间生活深入。日本禅的民间化，以一休学纯（）作为代表。一休的禅属于大德寺一系。
室町时代又是犯上作乱的时代，日本人称作“下犯上”的时代。各国的守护大名权力膨胀，开始无视以往的中央权力，天皇的公家，明显地在政治上边缘化了。各地的农民和町民为了自保也建立自己的武装。与此相仿，佛教寺院，尤其那些有经济实力的寺庙，也都建立自己的武装。在一些地区，例如北陆等地（今天的本州中北、东北部），农民们借助宗教的力量组织起来，以念佛为契机而结成佛教团体。因为是一地一区建立起来的，与本乡本土有更深的亲缘关系，涵盖了家族的、地缘的结构，席卷了整个地区的普通农民。这一广泛的民众基础，使其以宗教形式展现强大的政治力量。在有的地区（比如本州中部与北部），真宗佛教团体甚至强大到可以驱地方官和豪族（守护和大名）的地步。在京都信奉法华教的日莲宗也强大到
到 可以揭竿而起，日本史上称作“一揆”运动，就是造反的意思。
与此同时，佛教各派都向民众中渗透建立自己的势力。佛教中的神祇与各地原来的原始宗教神灵也从理论与实践两方面相互融合起来。文化史上称为“神佛合习”（神，指神道。）这一宗教发展趋势也把来自佛教的神力加持、咒诵祈祷方式带入了民间习俗。
乱世中成长的宗教政治势力：真宗本愿寺
亲鸾一生的传教活动为真宗的本愿教团奠定了基础。他在世时，奔走传教，真宗控制的地方不断扩大。真实为埋葬亲鸾遗骸而建立
大谷本庙形成了强大的教团组织。这座庙的主持或者叫留守的，习惯上是亲鸾的血缘后代继任。到他的曾孙觉如上人时，本愿寺发展了对亲鸾的个人崇拜，以祖师为特点的真宗教义也发展起来。觉如以后四代，本愿寺发展势头放缓慢了。但在北陆地区，许多真宗寺院建立起来，它们都归属于本愿寺，于是形成了该寺系统的教团。呈现衰微的本愿寺于是得以复苏兴盛。本愿寺第八代座主是莲如（），由于他的巨大能量，使别的一些佛教宗派也被吸引到亲鸾的系统当中来。莲如的传教能量很大，他对于社会上许多农民、平民以及下级武士都有吸引力。他的传教方法之一是发送手纸（传单）宣扬：凡是信奉了弥陀宗教的人都可以平等解脱。它鼓吹：信心是获救的唯一且可靠的手段。为了保护日益扩大的本愿寺教团，使不受政治权力的压制，真宗建立了自己的防卫组织，把组织的自保同宗教信念关联起来。另一方面，它在有的情况下，也宣扬要服从世俗政治权力，要遵守社会伦常，但它高度强调信心的解脱作用。由于本愿寺系统的教团严格地依地方村社而展开组织活动，它强调要使一村一乡的居民的全部皈依，所以，地方行政组织与真宗教团结构很容易地相互重合。地方政权也很容易就被教团方面控制。共同的宗教认同与共同的政治诉求相互支持。这就很容易使长期遭受压迫的农民，与本地的守护大名对立起来。真宗的战斗性非常强烈，在北陆地方，本愿寺教团甚至驱逐了地方行政官员，成立了自治政府。
这种情况，即令本愿寺教主莲如也是没有预见到的。尽管他未必不喜欢这种局面。不管如何，真宗本愿寺系统最终发展起来，但也成为幕府将军们的眼中钉、肉中刺。到下一时代，即战国时，它成为了织田信长一心要谫灭的对象。
从神佛合习到神道的独立
佛教与日本本土的神祇之间的关系，从佛教传来日本就一直是重要的话题。当初佛陀来到日本，是日本人以往并不知道的一位大神。但让日本人膺服的地方在于，佛教有高深的理论体系，又有精微的祭祀仪式，具有强大的宗教拯救力。最初的东大寺建立时，曾经从九州地方迎请了宇佐的八幡神。迎请八幡神是为了让他成为护法，也使本地人觉得佛教亲切。
但是无论佛教有多强大，自古以来同日本人生活息息相关的各地的神灵，才是日本人感到亲切的。因此佛教方面必须考虑吸收这些地方神祇，成为一体之后，才为佛教争取到了合法性。于是本地的原本的神祇，被宣称为佛陀或者佛教的菩萨神祇在本地的化现。这中间转换与过渡与新生，就是日本文化史上的“本地垂迹”——佛以化身的形态出现在土著的面前。这也叫做权现说。例如在日枝地方的神是如来的权现，伊势神宫的天照大神也是佛祖在伊势的权现。而熊也的佛神权现则是弥陀佛、药师佛与观音菩萨。
古来的神祇的传说，本来就没有精密的理论体系。这一理论化过程发生在鎌仓时期。过程当中，借用了佛教的理念，实现了神道的理论创造。天台宗的山王神道和真言宗的两部神道，都是这种理论化的结果。这之后，神道教的理论摆脱了跟在佛教后面的被动局面。从鎌仓
到南北朝时期北（上自下田）亲房（）等人致力于令神道从佛教中独立出来。最终成立了伊势神道。另外，吉田兼俱（）则把佛教改造成为了唯一神道。打个比方说，提供了理论说明的佛教是枝叶或者果实，而日本宗教信念（神道）则是其根底。神道在排除佛教外在形式的同时
，也就完成了日本的民族文化过程。因此神佛分离其实也就是日本民族主义的先声。从江户时期到近代日本，摆脱佛教成立神道的社会政治货币是很明明白白的。
对佛教控制多于护持的德川幕府
德川幕府通过本末制度将佛教僧团纳入了政府的控制范围。通过寺檀檀家制度则将民众经由佛教寺庙而通通纳入了政府体制。这一时期，幕府给予寺院免予纳税的特权，从表面看，地方官府也不能随便骚扰佛教寺院。但最终，政府经过处心积虑的手段，将佛教寺院牢牢地控制在自己的手中。使得日本佛教僧伽只在龟缩在寺院当中，从事佛教学术研究，也取得了可观的成果。但佛教已经丧失了以往的活力。如前已说，部分佛教团体在战国时代凭籍武力而壮大力量。这使得后来的从织田信长丰臣秀吉德川家康都不得不考虑如何控制宗教势力的政治课题。被信长和秀吉无情手段镇压下去的佛教教团，在世纪中已经被德川家完全钳制住了。僧团成为了国家体制的一个部分。江户幕府从一开始就都宗教有所提防：它最初的两手便是：一面打击基督教，不许其传播；另一方面，从经济与政治上控制佛教，不许它脱离政府的控制。
首先，幕府制定了《诸宗寺院法度》确立了幕藩体制下的教团的政治基础。幕府要求各大宗派根本寺院（本山或大本山）提供所属有所寺院的帐目（列出田产、银钱、年租、庙产、人员等等），这就实际上授予本山代政府控制本宗全部寺院的权力。实际上，本山也领有对本佛教宗派下属所有寺院的人事任命和经济收益权。为保证这种支配权力的彻底性，政府方面还成立了所谓的“寺社奉行”的行政司法机构。
为支配控制民众，幕府又利用了佛寺与民间的密切联系。进一步将这种联系从社会生活扩展到行政制约方面来。在基督教徒的岛原起义失败以后。幕府实行了所谓的“宗门改（宗教审查）”建立了宗门改役（宗门事务机关）。幕府要示所有的日本民众都得领取户口证件那样的证明书，而这个证明书是只能由他所在当地的寺院来颁发的。证明书以家庭为单位，上列具了姓名、年龄、家庭成员的详细情况。通过寺院，幕府实际上建立了全国的户口重见管理制度。寺院再将所有的登记文书集中起来上交给那个叫做“宗门改役”的事务机关，在那里注册备案。由于老百姓与寺院的关系在传统上是檀家（施主）与佛寺的关系。现在的这一套管理方法实际上已经将檀家制度变成了行政制度的一部分。这样民众归寺院管，寺院归政府管。实行这套管理制度，所说也是为了将基督教排斥在整个制度之外，以便从根本上将它取缔。
本来的檀家制度中只是体现了民众在老死以后的葬仪上和平时的供养关系，而现在德川幕府则通过对佛教的“护持”而控制了佛教和信奉佛教的日本民众。再者，幕府对于佛教大寺还有一系列的扶持政策，首先是保护寺院对佃户收租，并且免除寺院收租的征税。对于一些没有土地或土地很少的寺院，政府还每年提供多少不等的口粮。为建立这么一套宗教管理制度，佛教的上层人物也都出力贡献，例如天台宗的天海（）和临济宗的金地院崇传（），都起过重要作用。前者引入神道思想这德川幕府政治统治服务，后者直接为德川家造神，寻求德川幕府的宗教神圣性和政治合法性
崇传自幼在南禅寺为僧，庆长十三年，被德川家康招请到骏河（今静冈县）主持专门为他起造的金地院。崇传的责任是负责处理幕府的宗教管理事务与外交事务。前者使他具有的历史上的大僧正的地位一。庆长十七年（）受德川家康委任，崇传与板仓胜重共同掌管寺院管理。也就在这一年，他起草文书致西班牙国书，表示日本国将要禁止基督教。第二年（），他起草《伴天连追放令》公然驱逐基督教传教师（“伴天连”），这个追放令，宣称日本国本来是“神国佛国，专敬神敬佛，事仁义之道”因此，它不可能允许“吉利支丹（的日本读音）来日本，以邪迷之法惑乱正信”“基督教是祸乱之萌，不可不制”，“很伴连天党徒产，皆反件政令，嫌疑神道，诽谤正法，残义损善”【达大十善之助《日本佛教史》岩波书店版，章节】崇传不仅参与宗教事务，也与闻军国大事，德川家剿灭丰臣家的重大策划幕后都有他的影子。庆长十八年的《禁训并公家诸法度》令，及有关褒奖佛教上层的所谓授紫衣的规定都是他或参与或一手制定的。元和元年（）他又参与起草《武家诸法度》这是一个规定德川幕府整个历史时代的武士们的责任与义务和规矩的幕府法令。
天海是天台宗僧，号南光坊。庆长十三年（）德川家康将他招到骏河，第二年派他到京都支复兴天台宗。庆长十七年（）他在武藏国（今崎玉县川越市）星野山重建无量寿寺。该寺比拟东睿山，而称“东睿山喜多院”。标志着天台宗藉德川家康的支持将天台山势力从关西进入关东。元和二年（）德川家康去世，天自称受家康遗命，主持采用天台宗的山王一实神道仪礼，葬家康于日光山（今枥木县），称家康为“东照大权现”。宽永二年（）在三代将军家光的支持下，在江户城的东北角“鬼门”一带（今上野公园一带），比照京都东北有比睿山天台寺院，天海起造宽永寺，将原来的喜多院的“东睿山”山号迁到这里。以后天台宗在关东的本山也就在宽永寺。天海历任德川家一、二、三，三代将军的“国师”。他奏请朝廷派天皇的兄弟“法亲王”任宽永寺主持。天海死后，后水尾天皇的儿子守澄法亲王任宽永寺主持。自此天台系的宽永寺成为亲王门迹，称为轮王寺。法亲王住持本寺同时又是天台座主，统辖比睿山、日光山及东睿山轮王寺三个天台中心。
佛教管理制度的建立
从庆长六年到元和二年，幕府陆续向佛教各宗及各大寺下达相关管理命令。见下表：
（圭室谛成《日本佛教史近世近代篇》（法藏馆年版）第六次印刷第章之三）
所有这些下达的法令文告，少数是针对具体问题的答复与指示。多数是以下内容：各宗的相关职位、座次、住持资格；关于授赐紫衣、上人号等必须先吴报幕府的规定；对授戒、传授血脉（法嗣）的规定；对出世（任大世住持）；本寺与末寺的关系；对说法的规定；对化缘劝募的取缔；对建立新寺的限制；禁止邪教和新建宗派……等等。在对各宗所定的法规当中，已经把古来的传统和特殊情况考虑进去。从对各宗僧人的基本要求和担任僧职的规定中，可以看出幕府鼓励佛教僧人们研究佛学、增进持守戒律。比如《比睿山法度》规定，凡是不能勤勉学道不守戒律者，应当让其离山。又规定了让精于显密二教的学僧传授佛学，使后继有人。对各宗的《法度》都要求只有具备学问和严格持守戒律的学僧才能担任主持和传法人（“能化”）。例如《关东新义真言宗法度》规定，心是没有在山研习学问年者不担任“能化”向众僧传法。《真言宗法度》规定：真言宗新义派的僧人，先得有年以上的研习学历，然后还得在山中真正修行过年以上，才能担任法师。在《大德寺诸法度》和《妙心寺诸法度》中又规定，禅僧“出世”——从僧团中选拔出来任职谓“出世”——必须有年的修行经历，必须参透个公案。在《曹洞宗法度》中规定：禅僧欲“立法幢”——即出来说法，即使是担任的“江湖会（夏安居）”的首座，也得有年以上的研习与修行经历。
幕府在宽文五年（）发布了要求各宗必须遵守的统合性法度，其内容包括对出家手续、住持资格、本末关系、寺檀——寺庙与檀家（施主或信众）的关系、寺之领地等等的规定。关于真宗，特别地写明允许其带妻修行。贞享四年（）又发布诸宗必须共持的法度一共十二条。主要是禁止基督教以及禁止改宗，以及规定寺檀关系。享保七年（）公布了一般性的各宗均须遵守的通行条目，以及各宗条目在内的法度规定。以后又有针对性的发布了一些法度条文。
所有的法度文告当中，影响当世和后世最久的是关于寺院本寺与末寺关系，规定子院、别院、末寺等的隶属制度；另外便是规定寺院与檀家（施主）关系的法度。
寺院本末制度
德川幕府以前，寺院之间的这种相互统摄关系并不明确，许多寺院是没有本寺的。为了对寺院（特别是众多小的寺院）一律管理，幕府要求所有寺院都必须纳入本末的框架。德川初期，规定了本山就是每一佛教宗派的根本道场或者中心道场。例如，前面说过，天台宗的三大本山就是日光山、睿山和东睿山（具体就是上野的宽永寺）。本山以下是它所统属的诸多末寺，幕府不容许有游离在本山之外的任何寺院。幕府控制了本山本寺，通过本寺支控制所有的末寺。宽永九年（）幕府下令所有本寺，必须在两年内制作末寺的名簿（称“本末帐”“末寺帐”）并向幕府提交。所有这些“本末帐”涉及净土宗、法华宗等，遂有《净土宗诸寺之帐》《法华宗诸寺目录》《净土宗增上寺末寺帐》《关东真言宗新义本末帐》《关东真言宗古义本末帐》《京本国寺本末帐》《五山之目录》《曹洞宗本末帐》等等。通过这种本末关系制度，日本的各宗佛教寺院形成成了从上到下的：本山本寺中本寺直末寺孙末寺的关系。末寺的主持必须由本山本寺来任命；末寺的寺号、所用的经书由本山本寺发放；末寺僧众的剃度和任职由本寺批准；末寺只能服从本山本寺的决定；本寺还要按期缴纳钱物及尽各种义务。本末制度加强了日本佛教宗派的自身统一性，以及严格的排他性。
如前所说，幕府初期以，崇传统制佛教事务，他死后设立寺社奉行管理佛教事务。更后来，为便于控制，幕府要求所有佛教宗教派在幕府所在地江户设立办事处，称之为“触头”。触头一般都是江户的实力寺院。曹洞宗称“触头”为僧录；真宗称录所或轮番；净土宗称为役者。触头的责任是把寺社奉行的法规、命令、意见等传达到各地的寺院。也代各宗寺院向幕府上呈汇表文书。
檀家制度和户籍管理、寺院证明书
（）禁教与锁国： 幕府建立佛寺同附近信众的严密关系，当然是为了加强对民众的控制。但还有一个特殊的历史原因，便是制约战国末期发展起来的基督教（天主教）。天文十年（）耶稣会修士方济各沙勿略（）中国船来到日本鹿儿岛，得领主岛津贵久允许开始传教。以后他的活动延展到了平户、山口和京都。再两年，他离开回到印度。但更多的耶稣会修士从西方来日本传教。天正十年（），日本的基督教达到了万众。大小教堂已经有余所，传教士达人。北九州的大名若大村纯忠、大友宗麟、有马晴信等都是虔诚的基督教。起初，日本人是把天主教看成佛教的一支的，天主教的传教士们为了也都往往利用佛寺别建教堂。那时的教堂也称为“寺”。天文二十一年（）山口县的教堂称作大道寺，所有的教堂被日本人称为“南蛮寺”；基督教的传教士则称为“伴天连”；基督教称“伴天连宗”或“南蛮宗”，以后又称为“吉利支丹”“耶稣宗门”“切利支”等。
织田信长对耶稣教很有好感，但他的后继者丰臣秀吉认为基督教有违日本固有的伦理，因此他最先开始禁教。天正十五年（）秀吉发布《伴天连追放令》驱逐基督教传教士。由于信奉天主教的葡萄牙、西班牙商船和商人来往不断，这个禁令并未贯彻到底。
德川幕府初期，对于天主教的传播也仍然是放任的。这一时期来到日本贸易西方国家，除了西班牙和葡萄牙，还有荷兰、英国等。天主教方面的来日本传教士，除了耶稣会，又增加了托钵修会的圣芳济各派、多明我派、奥古斯丁派。到庆长十年（）日本的基督教徒人数达到了万众。
当德川幕府开始致力于它的思想建设，即用孔孟之道来建立日本儒学，发掘日本的神道传统来为幕府的政治合法性寻求根据时，在一批儒学大家如林罗山，一批佛教僧人如崇传等。都把矛头指向基督教，认为这是乱政的邪法，不利于神佛之国的建立，在他们的影响下，德川家康采纳了禁教的意见。为了对全国民众的政治控制，和思想控制；为了垄断与外国的贸易；为了维护原来的佛教与神道，庆长十八年（）《伴天连追放令》公布。在全国范围内开始驱逐传教士、迫害基督徒、平毁教堂，强迫实行弃教改宗。与此同时，对外国的贸易港口划定只在平户与长崎。宽永十年（）幕府规定所有日本船只不能出海到外国去，除非是得到幕府批准并取得红印特许状的日本人，才可以开展对外贸易。这些得到特许的贸易船称为“朱印船”（自然只有幕府和与幕府有特殊利益关系的日本人才能经营朱印船）。所有在海外居停超过五年的日本人不许回国。再两年，规定任何日本船只与国民一律不许出国。来自中国的船只只能在长崎一地靠岸停泊。宽永十六年（）禁止葡萄牙船只来日本，一律不许靠岸。到此实现锁国与禁海。
（）改宗与寺请文书： 幕府在禁绝基督教的过程中无所不用其极，百般迫害基督徒。庆长十八年（）幕府在京都实施强迫基督徒弃教改宗。同意弃教的日本人必须经过“踏绘（以脚践踏圣母像或十字架）”的检验。拒绝踏绘的人会受到酷刑，直至死刑。被认为已经弃教的基督徒，必须归宗于某个佛教派别（称改宗），要到住地附近的佛教寺院去登记，成为该寺的檀越（信徒），开具证明书。日本历史上称之为“寺门改”。寺院向官府担保改宗者的身份，出具的证明书叫“寺请文书”或者“寺请证文”。“岛原之乱”后，这一措施进一步被加强。宽永十七年，幕府设立“宗门改役”的机构，专门负责镇压基督徒。起先此职由幕府的大目附和作事奉行兼任。以后这个衙门改名为“吉利支丹支配”或“吉利支丹奉行”。这个部门向下延伸到各藩。宽文（）年间，全国推行寺院开具文书的做法。以往的证明文书是由村庄的村吏开具的，现在，所有农民无论结婚、旅行（一般说来，幕府不准农民离开所在的村庄）、迁居等，除了得到村吏开具的证明书（“追手形”），还必须到附近所属寺院领取证明（“宗旨手形”）。上面清楚地写明被证明人的姓名、村名、年龄、性别，所信奉的佛教宗派，所属的佛教寺院（叫“旦那寺”或“檀那寺”）。
德川时代，幕府把佛教寺院当作基层的户籍单位。保管户籍的虽是基层政府，但佛教寺院要协助这种户口登记与造册。所谓户口，称为“宗门人别帐”也叫“宗门改帐”或者“人数改帐”、“宗门手形帐”“宗旨帐”或者就直接叫“切支丹宗门禁制寺请状”等。最后一个名称可以看出建立户口制度最初的政治目的就是禁绝基督教。
下面试列出一张宽文五年（）的《相模国足柄上郡知津岛村宗门改帐》给读者见识，开头两段是说建户籍册的交代事项：
村中最高的吏，有若村长)、组头（副村长）及五人组（五家联保）应该为其人共同作证。如有改换宗旨事，应从寺改换证书提交。
接下来这个“注意事项”还说到村民们今后如果发现有吉利支丹分子，一定要即时举报。并重申村民葬仪活动只能由所属寺院举行。
这份《相模国足柄上郡知津岛村宗门改帐》还向读者显示这家叫做佐武右卫门的人家一门五口的情况（表格、表头是今天加上去的）：
户籍造册过程大致如下：每户成员先到所属寺院（旦那寺或檀那寺）登记，取得证明文书，然后上交村吏（名主为首），村吏将全村村民交来的证明书内容登录为两册，一存村所，一上交领主。宽文十年（）幕府对于《宗门改帐》有了统一 的格式规定。
这样我们看到，（）在德川幕府的统治下，寺院部分地领有派出所的功能，僧人也就部分地相当于户籍警和治安警的角色。（）日本社会的普通民众，无论其是否信奉宗教，都必须有寺院归属。葬礼及家庭祭祀都必须由所属旦那寺举办。寺院提供宗教服务，而民众以家庭为单位向寺院输送钱物的关系也就固定下来。（）德川时代，越往后期，檀家制度越是固定。宽文五年（）农民家庭尚可以自由选择檀那寺，便到了享保七年（）和十四年（）幕府干脆明令不许农民改变与所属檀那寺的关系。
对日莲宗“不施不受派”的打击
德川幕府既然一心要从精神上控制日本民众，在奖掖儒学、利用传统神道的同时，严厉地打击外来的基督教，对于佛教中不够驯服的任何宗派也毫不手软。日莲宗就是他树立的反而典型。该宗派内部有一支叫做“不施不受派”的。本来这一支只是某种基要主义的原教旨论者，并不一定有多强的世俗政治目标。它认为以对待《法华经》的态度可以区分正邪。不够完全归服法华经教义的就是“邪见人”“谤法者”，这种人不可向他们作法施，不可对他们说法，当然也不可能接受他们的布施。这就是不施不受的原义。战国末期丰臣秀吉在京都东山建立方广寺，雕造大像。文禄四年，秀吉邀请当时八宗佛教的僧人各八百人为其亡父母举行善法会，同时庆祝方广寺落成，称为“大佛千僧供养”。当时京都妙觉寺的日奥认为丰臣秀吉是“谤法者”整个目莲宗拒绝出席这个法会。但他们内部的意见不尽统一。本满寺的日重认为这是国主供养，属于例外，决定出席法会。但无论如何，日莲宗的这种态度令丰臣秀吉非常嫉恨。
德川家康建立户幕府以后，曾把日奥召至大阪城审问，最终，宣判“不施不受派”为邪义，将他流放到对马岛。十三年以后，由于京都所司代从中斡旋，日奥才得从流放地回来。日莲宗当中，始终有一批人认为“不施不受”是他们维护正法的基本原则，不容退让。这就令幕府非常恼怒。武藏国池上的本门寺（在今东京）、妙本寺（在今神奈川）的住持日树，也是主张不施不受的，他甚至在接到德川秀忠夫人葬礼的法会邀请时也拒绝出席，不受供养，用佛教的意义来理解，这是拒绝为德川家追福。日莲僧学者日贤对此也加以支持，不过本宗内的其他学者如是什么日重和弟子日乾、日远等认为应该实行“受而不施”的态度。幕府在宽永七年（）把日树处以流罪，禁止宣讲不施不受义。
但“不施不受义”来自日莲宗教主，影响深远。所以幕府未能完全禁绝它。京都妙觉寺的日讲（）盛唱“不施不受义”。幕府在宽文五年（）年调查其寺田并换发朱印文书。当时通告日莲宗，所有来自幕府的寺田是用来“供养”日莲宗的。对此“供养”的说法，日讲和日述不肯接受，坚持说这是“恩田”体现国主对于日莲宗的恩顾。作为恩顾可以接受，作为供养则不可接受。小凑诞生寺（在今千叶县）的日明等人则认为寺田体现了国主的慈悲，称之为“悲田”可以接受。后世遂称日讲的法系为“不施不受门派”，称日述的法系为恩田派，日明的法系为悲田派。所有这些派别在德川时期都遭受严厉禁绝。日讲、日述等人也遭受流放。然而日莲宗方面毫不妥协，宁愿遭受打击，艰难生存下来。直到近代明治时期，才被解除禁锢。（今天，该不施不受派的本山在冈山县妙觉寺。日讲一系则以同一地的本觉寺本山。）
幕府控制下的佛教学术“繁荣”
）对佛教学术奖掖与檀林教育制度的建立
─1572），由日莲宗的日光、日谛、日诠等，成立了‘三光无师会’，到了天正（1573─1591）之初，日生在京都松崎及下总饭高两地，正式开创了檀林。江户初期，就一致派而言。有关东八檀林及京都六檀林，胜劣派别有七檀林。
），本愿寺改建于东中筋，便改学寮之名为学林。大谷派的学寮则始于宽文五年（1665）。曹洞宗也在元禄五年开创学寮。
─1764）之顷，增上寺的所化人数达二百至二百五十人之间。真宗本愿寺派的学林，在明和及安永（1772─1782）之际，即超过了一千人；江户幕府末的安政（1854─1859）年间，竟超过了1600人；至于大谷派，在天保九年（1838），就已有了1847名所化。
）日莲宗学者
日球、日诠本来是天台僧人，转到日莲宗内则成为该宗的著名讲师，其弟子日重（）与京都本国寺的日祯相商在六条开设求法院谈林。此后日统也在下总（今千叶县）的饭冢讲天大部，协助他的日生（）在四国饭高也开设谈林。饭高谈林与以后在松崎开设的松崎谈林成为日莲宗的两大教育中心。日莲宗在关东共有八处谈林。
─1698）修学其宗学于妙觉寺。他深信日奥的不受不施义，勇敢地身体力行。于宽文六年（1666）撰著《守正护国章》，献于幕府，强调不受不施的宗义，从而获罪，流于日向（宫崎县），73岁时，即寂于该地。他是公推的不受不施讲门派之祖师。
）天台宗学者
），五十四岁。他本为禅僧，后归天台，但他承受中国的四明知礼及灵峰蕅益的思想，根据四分律而反对天台宗学以圆、密、禅三宗一致的宗风，反对比睿山由来所传的大乘戒。因得轮王寺的宫辨法亲王的皈依，故于元禄六年，在比睿山建立安乐院，专弘妙立的律学，称为安乐律院，由其弟子灵空住持。
─1698）是一位博学多闻而又持律坚固的名德，继承师说，全力宣扬，著作有六十余部二百卷。他又另于宽永寺建净名院，日光建兴云院，三山鼎立而盛弘宗义。因以安乐院为其中心，故称其所弘之律为‘安乐律’。但此安乐派之成立，是由灵空的弟子玄门，于宽保三年（1743）始定其一派立条规。
─1862），终生讲学不倦，大振四明学风。
），曾将高野的真言宗，分为学侣及行人的两派，制定一山两头，其后两派互争权势，诉之于幕府，幕府则出而一扫其纷争，以服从命令为准。当时真言宗在教义方面，又分为新义派及古义派。
─1693）的著述达二百余部，藏书极多，称为运敞藏，被人敬称为近代师。亮汰（1621─1680）着有理趣经深密秘钞三卷等数十部。
─1804）出现，盛弘戒律，德化及四方，幕府以高贵寺为其弘律之本山，他将他所弘的戒律，称为‘正法律’，因其主张大小威仪，百般规范，悉应遵照佛制，正法律之名称，即出于原始的律藏。
─1645），受到三代将军家光之皈依，创东海寺于东京市的品川区，大振宗风。妙心寺的愚堂（1579─1661），在江户（东京市）开龙翔寺，盛弘所宗。愚堂第三代法孙白隐鹄林（1685─1768），嗣道镜慧端之法，先住松荫寺，继开龙泽寺，晚年再住松荫寺，一生之中，巡游各地，诱化道俗，并着
“假名法语”，阐扬临济禅风。门下有东岭，峨山、遂翁等人，今日自成一流，名为鹄林派。
─1751），他的法系传至今日，称为古月派。
）着成一部七十五卷的 “本期高僧传”，收集日本各宗高僧一千六百六十余人的传记，乃系彼国最大部帙的僧传书。
），又有清僧心越兴俦，应水户光国之招聘而到日本，住祇园寺，盛名振于一时。
─1743，1748─1752），出有贞极、关通、普寂、敬首、大我等诸大德。他们鉴于净土宗风的颓弊，所以力倡改革，极重戒律，尤其是敬首，兴起了念佛门中的律院制。此与天台宗的安乐律、真言宗的正法律，在时代精神上有相通的要求。因受宋儒朱熹及阳明学派指责佛教无助于伦理实践，故以振兴戒律来挽救危机。
三业惑乱”的纷诤，所以智暹着 “真宗本尊义”攻击法霖之说为始，结果是由幕府仲裁处断而平。
），设置学头及讲师，由西福寺的惠空担任，其后经慧然、慧霖，于宝历四年（1751）将学寮移至高仓，增建学舍，扩大规模。再经慧敞、深励、宣明、大含、德龙等的历任讲师，人数越来越多。
读经佛教”的状态。同时，僧尼之破戒腐败，亦时有暴露，尤其是真宗出现了左道派，流行秘事法门或夜中法门。
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