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【求助】关于gromacs提交并行作业的问题。。。。。
申请了一个超级计算机中心，可是提交gromacs并行作业，总是很快的就运行完毕，没有输出文件，请大家帮忙看看哪里出错了。我运行的版本是gromacs-3.3.3
超算中心给我了一个提交作业的用法如下：
bsub -W 运行时间 -a MPI版本 -n 使用的cup数 -R "span" -q 队列名称 -o 标准输出文件 -e 错误输出文件 mpirun.lsf 运行的程序
当然我首先编了一个运行脚本md.sh,具体内容如下：
------------------------------------------------
# !/bin/sh
&&mpirun -np 2 mdrun_d -np 2 -v -s md1ns-22bar-mpi.tpr -o md1ns-6bar-mpi.trr -c md1ns-6bar-mpi.gro -e md1ns-6bar-mpi -g md1ns-6bar-mpi >&my.job&
& &&&echo no md.tpr found& && && && &
---------------------------------------------------
我觉得mpirun -np 2 就是设定2个节点来并行，（有人说-np是设定cpu数目的，我这里也不清楚）
然后我按照上面的命令格式提交作业，可是总是很快运行完毕，没有输出文件
bsub -W 5:0 -a intelmpi -n 16 -R "span" -q x64_small -o out -e err mpirun.lsf md.sh
我这里总共用16个cpu ,每个节点上用8，所以用2个节点来并行md.sh脚本
我总感觉好像没有运行这个md.sh脚本。。。。。。。
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求第三方编译的win版Gromacs！
linux模拟系统？那就不如直接用linux版了。谢谢！！
非也非也，cygwin不是虚拟linux那么简单，它是完全将程序编译成了windows下的exe文件。
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【在线答疑】关于GROMACS
本帖旨在邀请各位朋友集中提问和回答Gromacs的问题，欢迎每个虫子参与提问与回答。我将尽可能的抽出时间来尽我所能回答该帖相关问题。
1. 请回答问题的虫子勿必回帖时注明：【回复__楼】；
2. 提问的虫子们得到答案后应该重新编辑自己的提问帖，在下面附上：【已解决，答案见__楼】
新建GROMACS QQ群号：欢迎加入
此群由mophyworld 提供，在这里表示感谢！
Gromacs的官网：http://www.gromacs.org/
简介入门网：http://wiki.gromacs.org/index.php/Main_Page
GROMACS可以计算体系的粘度（本体粘度和剪切粘度），也可以计算体系的扩散系数，所以你可以用这个软件来测动力学性质。
& &&&关于计算粘度的方法有很多中，在Gromacs中就提供了三种，非别是EINSTEIN RELATION, NEMD,和TACF方法，其中你说的非平衡动力学方法可能是第二种，因为粘度 本身是反映流体流动阻力的量，所以给体系一个扰动，然后测体系的流动性质，就能反映出体系的粘度来，比如说给体系一个水平方向上的力，体系形成一个层流，然后测层间的速度梯度，那么力与速度梯度的比值就是剪切粘度。
另外粘度还分很多中：
Dynamic viscosity (or absolute viscosity) determines the dynamics of an incompressible N
Kinematic viscosity is the dynamic viscosity divided by the density for a N
Volume viscosity (or bulk viscosity) determines the dynamics of a compressible N
Shear viscosity is the viscosity coefficient when the applied stress is a shear stress (valid for non-Newtonian fluids);
Extensional viscosity is the viscosity coefficient when the applied stress is an extensional stress (valid for non-Newtonian fluids).
不好意思，本人没有用过那个软件，但希望可以探讨一些一般的问题
不好意思，我没有做过分子对接，不过Gromacs确实可以做分子对接的自由能计算，由于我做的不是生物分子体系，所以这部份也不是很熟，GRomacs的手册中有关于自由能计算的部分：
手册部分3.3版本中3.12和4.5两节有关于自由能计算的
http://www.gromacs.org/content/view/27/33/
下面有个小例子，可以帮助你入门
http://www.dillgroup.ucsf.edu/group/wiki/index.php/Free_Energy:_Tutorial
http://md.chem.rug.nl/education/Free-Energy_Course/index.html
& &&&另外如果你只用Groamcs跑动力学进行能量优化的化是可以，别的很多软件都可做这个，NAMD应该也可以，不过本人没有用过NAMD，所以没法评论
& & 希望这些能对你有所帮助
恩，很见功夫，非常感谢。以后有具体问题再请教
需要验证，任何自己写的和直接使用力场文件里的，都需要根据你的具体的体系来验证，比如说你用这个力场得到的体系的性质与现有的文献中的结果比较或者实验结果比较如何，如果主要性质都很好的化，这说明你的这套力场就很好，否则就需要调节你的力场参数了
我没用过从头计算，不过好像用它来算出键长或者键角势来，二面角的化有点麻烦，需要考虑1-4相互作用，之后你在用函数拟合一下应该可以求出来相应的平衡键长和键参数来
Gromacs支持并行，并且并行的效率很高，至于你的体系要多长时间，这个很难说，因为这与你体系的大小以及计算的时间步长，是否加些限制，热浴耦合的方法以及cpu的计算速度等等都有关系，依你的体系和cpu以及计算一万步来说，应该比较快就能跑完，大致时间我也说不清楚。
&&另外关于Gromacs的图形界面来说，都是来别人开发的，我有同学用过，反映不好用，所以建议你用文本界面比较好至于命令吗，是多了些，这是因为其提供的功能相对比较丰富，习惯了就好了
谢谢你的建议，我也想建一个，到时会发出来的，可是我很少上qq,所以，如果有人想建的化，告诉我，我帮你放一楼哈
理论上，量化计算的结果是比较准确的，所以这些成熟的力场一般也都是从量化计算得到的，但是他们得到力场参数都是建立在具体的分子体系上的，对于能不能使用于别的含有相同单元的分子体系，是需要验证的。可喜的是，一般情况下，这些力场的可移植性都比较强，但仍需要对力场进行验证。
有人在2006年用1024个处理器，计算250万个原子体系，每天大概能跑1.5ns，所以如果你真的需要计算那么大体系的化，就要多多破费了，另外建议用粗粒的化的介观模拟，就能大大减小计算量
你不是用量化计算出来键长和键角势了吗，那你可以直接选用Gromacs里面的势函数，来拟合势得到你要的参数，要么就就直接找力场文件中对应的参数，然后模拟下，看下你选的力场如何
这是你没有安装并行选项：
你要下lam-7，FFTW3，Gromacs，之后分别安装：
#cd lam-7.1.4
#./configure --prefix=PATH(这个是要安装的路径，自己写全)/lam714
#make instal
#cd fftw-3.1.2
#./configure CC=gcc CXX=g++ FC=f77 --prefix=path(你的安装路径)/fftw3&&--enable-mpi --enable-float
#make install
然后安装gromacs
#cd gromacs-3.3.3
#export CPPFLAGS=-I/path(你上面安装fftw的路径)/fftw3/include
#export LDFLAGS=-L/path(你上面安装fftw的路径)//fftw3/lib
#./configure --prefix=/path（gromacs的安装路径）/gromacs3&&--enable-mpi&&--without-x --with-fft=fftw3
#make install
我原先只是直接找力场文件中对应的参数。可是有这么2，3个二面角参数力场文件中没有对应，我该怎么办？总是觉得可惜了。
另外我只是用量化优化分子得到的电荷的分布，键长，键角等。
我还不知道如何用量化来计算键和键角二面角势。我希望能像你说的那样来拟合势能得到参数。希望指教。
二面角势是可以量化计算的到的，我在文献上看到的，具体怎么求得，我也不知道，建议你去第一原理区去问问
呵呵，你说Gromacs的并行效率差，不知道你用什么做对比的，据我所知Gromacs，lammps，NAMD这几个并行效率都很好
1-4相互作用是指同一个分子上，相隔l两个个原子的两个原子间的非键相互作用，即是二面角端点的两个原子间的非键相互作用，一般是使用lJ和静电势在乘上一个系数。
1-4table是指这两个原子相距距离所容许的最大距离，默认值是1nm，不知你的怎么设成2.4，如果是出现你这样的问题，多是你的初始体系的能量优化没有优化好，或是体系中某些分子跑的太快，你可以降低步长看看
文献放实验室了，改天写给你哈
文献的名字是： High performance computing in biology:Multimillion atom simulation of nanoscale systems
& & 是美国 Los Alamos National Laboratory ,很有名的说
它的意思是为数组atoms_solvt->atomnames 分配内存失败，这可能是因为你的计算机的内存不够引起的，或者是你的盒子的尺寸太大了，你可以看下你的trp_bion.gro的最后一行，那三个数分别是你的体系的x.y.z的大小
你的top文件的分子数对应的原子总数的大于在pdb中的，不知道你pdb文件中的原子数不够，还是你的top文件中的分子数过多，如果是前者，建议你重新生成对应的pdb或者gro坐标文件，如果是后者，你可以在top文件中修改相应的大分子总数和溶剂分子总数。
可能是你top文件中的分子数写错了，你看下trp_b4ion.gro文件中的每种分子对应的分子数，跟你top文件中的对比一下，把与gro文件不同的分子数，在top 中改过了就行了
根据楼主的提示，我反复的试验，发现问题出在这：就是每次中和离子以后，加入的离子数若为n,则gromacs在PDB文件中（我是操作的PDB文件，一直没用gro）自动删除n个水分子，那原子数也就少了n*3个。
而在top文件的最后：SOL& &6897，这里的水分子数没有变，造成top文件总比PDB多n*3个原子，所以手工解决的方法也很简单，在这里手工减去添加的离子数就可以了，我的就是这样解决的。
在你使用grommp命令时,要输入一个*.gro文件，此文件的最后一行(如果有的话，就只有三个值)三个值就是你的盒子的三个边长x，y，z，你的vdw，rlist和静电的cut-off的最大一个不能大于盒子边长中的最小的那个的一半，另外静电一般是长程作用力，它的cut-off一般大于vdw的cut-off
你把你的top文件itp文件和gro文件传我邮箱，我帮你看下
谢谢你，我找到原因了，我的top文件中比gro文件多8个原子，是top文件包括的itp文件中的8个氢.
涨落是挺大的，不过这正常（GROMACS的压力的涨落范围是挺大的），关键是你的得到平衡后的平均值，是否在你设的值附近，你可以用个g_energy命令来看下平均值。
【回复53楼】
如果没错的话应该是CL-吧，就是少个 - 号
在你的itp文件中，在【atom】下一行有cgnr，它是指你的分子的按电荷分组，每组的原子数最好不要超过10个，且每组的电荷总数尽量为零，建议你分组后使用PME来计算。
这个比较难说，一个数量级以上吧，这取决与你的粗粒化前后的粒子总数的减少多少，一般情况下，粗粒化后的粒子数越少，则算对相互作用力的所费时间就越少，在加上粗粒化后的步长可以增加不少（一般是2倍以上），所以总的计算时间可以成级数下降。
第一个警告，你要重新对分子上的原子进行电荷分组，上面显示有一组（比如说是第6组）有十四个原子，那你可以把前十个的组号不变（为6），剩下的四个为7，或者编入其他不超过六个原子的组，但是分组一般是分子链上原子的排列顺序来分，不要把不同分子上的原子分为一组，这样可能出错。
第二和第三个警告，可能是你的温度耦合的group的设置不对IN4和CL-没有耦合温度，在你的md.mdp文件中有tc-grps的选项，你可以改一下
你的top文件中都include了哪些itp文件呀，要把你的drg.itp放到别的#include
不好意思，没有做过溶剂密度分布的，不过manual有相关介绍，如果在处理中遇到什么问题，可以来交流下呀
你可以问下你的unix的有什么c编译器,然后在configure的时候，写上你的编译器的名字，FFTW的默认编译器是gcc：
#./configure CC=""
具体可以参考：
http://www.fftw.org/fftw3_doc/Installation-on-Unix.html
不好意思，具体怎么做的我也不清楚
& &Gromacs里没有MM/PBSA方法，好像有人用Gromacs跑动力学，然后用Amber里面的MM/PBSA脚本来分析其轨迹，这里有两篇参考文献，& &1. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics
& && && && & Volume 59 Issue 1, Pages 91 - 103
&&标题： ''MM/PBSA analysis of molecular dynamics simulations of bovine -lactoglobulin: Free energy gradients in conformational transitions?''
2.Ajay 1995, Journal of Medicinal Chemistry Vol. 38 number 26
"Computational methods to predict binding Free energy in ligand-Receptor
complexes"
& &&&至于MM/PBSA脚本需要什么样的轨迹格式，有谁知道，希望来这里交流一下，谢谢
11个原子，如果原子参数相同的话，可以定义为一个原子类型，如果gen_pairs是yes的话，你的pairstype部分参数可以不用写，如果你的不同原子类型的非键相互作用参数符合几何平均或者算术平均的话的，nonbonds_params部分参数也不用写。
不知道你的Gromacs的版本是那个，有人报告在Groamacs-3.3.1版本中有这个bug，如果你的是这个版本的化，建议你装个别的版本
体系的部分性质对，不代表力场参数就完全对，分子明显变形，可以说明你的力场参数是有问题的，比如说键长，键角或者二面角的分布跟实验有很大差距，这需要对相应的参数进行优化，或者你选择别的力场参数模拟，然后比较下那个力场更好。
Gromacs的力场文件在你的解压文件的share/top文件中，其中opls力场的名字是ffopls开头的文档，其二面角参数是RB势，即已经把fourier series转换成RB势了，这时的二面角函数类型要选为3.
我是做粗粒化动力学模拟的，不同的模拟软件都有一定的优缺点和适用范围，那么在为你模拟的体系选择一个合适的软件时要考虑很多因素，我觉得主要是这几个方面：
&&1.MD的效率，这对模拟大体系时，需要考虑的一个很重要的因素；
&&2.软件的所能模拟的尺度和提供的力场，看下软件能不能在你要模拟的尺度下进行模拟，另外就是力场，你需要的力场软件包里提供了没有，如果没有，它能否扩展到可以使用其他力场；
&&3.软件所能提供的分析工具是否丰富；
&&4.等等。。。
所以，不知你的具体体系和所需要的力场，你可以查一下以前的跟你一样模拟体系的文献，看看别人用的什么软件，看下它所需要的条件，这样在去选软件就可以节省很多时间。
& &另外你说分子跑到盒子外面去了，你可能没有用周期边界条件
不知道下一步你想怎么处理这些轨迹，但根据你提供的条件，你可能需要自己编程来提取了，Gromacs的xtc和trr轨迹都是xdr格式的文件，你可以把它转换成别的格式，trjconv这个命令就可以实现这个转换
如果是求角和二面角分布化可以使用命令g_angle 这个命令来实现，这时你需要建立一个index文件，make_ndx这个命令可以实现，把你需要的角的三个原子 编为一组，然后就可以用g_angle这个命令就能求出角的分布，只是它的是角度的函数而不是cos（）的函数。
恩，可是我也是刚刚学会用gromacs,对于把gromacs和编程结合起来，我还没有接触过，不知道谁有这方面的经验或者例子给说说，比如如何把gromacs的轨迹文件变成自己编程的输入文件，用什么来编这个程序，输出文件中要输出哪些量......等等
比如说你把*.xtc转换成可读的*.gro,命令如下：
trjconv -f *.xtc -s *.tpr -n *.ndx -o *.gro
你就可以打开看到gro文件的格式了，这样就可以对这个文件处理了，至于用什么编程，当然用你熟悉的语言以及编译器了，至于输入输出，要根据你需要处理的问题来设，这些跟其他的程序需要的输入和输出的库函数是一样的。
说不上请教拉，欢迎大家多来交流交流哈！！！
可能 是你的体系没有完全平衡或者你的体系崩溃了，你可以看下别的物理量比如体积，压强，动能，总能量等，看下这些有没有一个突变，另外vmd看下你的体系是否正常，你也可以延长一下模拟的时间，看看这些物理量的有什么变化
在上面的那那段时间内温度压力动能什么都很正常，然后我又接着上面的体系又进行了2ns的MD
我查看了potential变化趋势如下：好像我的体系又找到另外一个平衡似的。纳闷！
如果你使用的不是纯排斥势，通常情况下，总的势能应该是负的，你的温度正常，那动能应该正常，但你的势能是一直下降的，说明你的体系是没有平衡，总能量应该是下降的，你需要进一步延长模拟时间，然后分析平衡后的轨迹。
真的谢谢你的分析，我自己也觉得应该延长模拟时间:)
有人用g_lie计算过linear interaction energy，你可以参考一些这些：
http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2004-February/009194.html
http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2004-February/009195.html
http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2004-February/009196.html
另外有一篇文献用过这个方法，你也可以看看：
题目：Gp41 hydrophobic pocket entry inhibitor linear interaction energy MD simulation
你的体系过了9ns后，才好像平衡了，你的体系是不是很大，（但我觉得即使比较大，这个平衡时间也有点长了），可能你的初始状态的没有设置好，包括粒子的初始的位置，盒子的大小，大分子的初始构象等等，另外也可能与你的力场有关，你换个别的力场看看，比较一下。
从你跟出的条件，10埃的盒子绝对放不下，是不是你写错了，另外你把你的初始态设成接近体系的真实的密度，这样可以减少压缩盒子的时间，别的就看不出有什么问题了
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gromacs 4.5.4并行安装
第一步：我的linux用户名是yangjr
准备fftw-3.1.2.tar.gz、gromacs-4.5.4.tar.gz、lam-7.1.3.tar.gz
tar –zxvf&&fftw-3.1.2.tar.gz
tar –zxvf&&gromacs-4.5.4.tar.gz
tar –zxvf&&lam-7.1.3.tar.gz
进入cd&&fftw-3.1.2
./configure --enable-float --enable-mpi --prefix=/home/yangjr/fftw
make install
make distclean
./configure --disable-float --enable-mpi --prefix=/home/yangjr/fftw
在用户账户下设置环境变量vi .bashrc
export CPPFLAGS=-I/home/yangjr/fftw/include
export LDFLAGS=-L/home/yangjr/fftw/lib
LIBS=-lmpich
进入 cd lam-7.1.3
./configure --prefix=/home/yangjr/lam --without-fc
make install
在用户账户下设置环境变量 vi .bashrc
export PATH=$PATH:/home/yangjr/lam/bin
cd gromacs-4.5.4
./configure --prefix=/home/yangjr/gromacs --enable-mpi&&--program-suffix=_mpi&&--disable-shared
make install
在用户账户下设置环境变量 vi .bashrc
export PATH=$PATH:/home/yangjr/gromacs/bin
source /home/yangjr/gromacs/bin/GMXRC
最后测试：source .bashrc
lamboot 出现：LAM 7.1.3/MPI 2 C++/ROMIO - Indiana University说明lam装成功了，祝贺！
mpirun&&出现：Synopsis:& && & mpirun&&
& && && && && &mpirun&& &&等等
mdrun_mpi 出现："Would You Like to Be the Monster Tonight ?" (Captain Beefheart)
OK！都成功就可以计算了
Gromacs计算：grompp后，mpirun –np N mdrun_mpi …….
感谢师兄的帮助及网友！！
在google敲入gromacs就有了
不好意思，没有试过
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随时随地聊科研Date: June 8, 2015
Views: 3,860
Gromacs 5.1.1与4.6.7编译方法
文/Sobereva(1)& Last update: 2016-Jan-25
Gromacs 5.0（5.1.1编译方法与此完全一样）
编译条件：RHEL6-U1 64bit, Intel Q6600, root。
必须有cmake 2.8.8及以上。MKL、icc不是必需的，用MKL不比FFTW更快，用icc比gcc优势也不明显，故没必要装。单机并行不用装MPI库，因为用的是OpenMP并行。跨节点运行基于MPI，可以用OpenMPI 1.6及以上版本或MPICH 1.4.1及以上版本。
运行cmake -version，如果显示的版本低于2.8.8，到这里下载最新的cmake源代码：http://www.cmake.org/cmake/resources/software.html
解压cmake，进入其目录，运行./make -j;make install，就被安装到了/usr/local/bin下面。删掉cmake目录。
tar -zxf gromacs-5.0.tar.gz解压之，进入Gromacs的解压目录
mkdir build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/sob/gromacs50 （注：如果用的CPU比较新，编译器版本又比较老，比如RHEL6自带的，这一步可能会报错提示说编译器不支持AVX2指令集，此时应当再加上-DGMX_SIMD=AVX_256来强制用AVX1指令集）
make -j&&&&&& //-j代表调用所有核并行编译
make install
在make过程中Gromacs会自动下载FFTW3.3.3并编译之。下载和编译总共只需几分钟。程序被安装到了/sob/gromacs50。删掉Gromacs安装目录，并在用户的.bashrc里加上export PATH=$PATH:/sob/gromacs50/bin。
如果要编译双精度版本，cmake的时候写上-DGMX_DOUBLE=ON。此时不兼容GPU加速。编译出来的可执行文件默认都带着_d后缀，因此可以和单精度版安装到同一目录，不会冲突。
**** CUDA版安装方法
Gromacs通过CUDA支持nVidia的GPU来加速动力学计算，效率很好。如果用的是4核CPU，用高端GeForce显卡可加速&3倍，性价比很高。
先去nVidia网站下载并安装CUDA toolkit到默认路径。其它同上，区别仅是cmake这一步：
cmake .. -DGMX_GPU=ON -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-5.5 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/sob/gromacs50
Gromacs从5.0开始也支持Intel XEON phi来加速计算，但只是初步支持，性价也远低于使用高端GeForce显卡，故这里就不说了。
**** 自己装FFTW的情况
有时候安装的机子不通网，Gromacs编译时没法自动联网下载FFTW，就必须先自行下载安装FFTW，然后在编译时调用。过程是：去ftp://ftp.fftw.org/pub/fftw/下载FFTW3.3.3或更高版本，解压并进入目录，运行
./configure --prefix=/sob/fftw333 --enable-sse2 --enable-float --enable-shared
make install
在编译Gromacs的cmake那步之前先运行
export CMAKE_PREFIX_PATH=/sob/fftw333
然后在cmake时去掉-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON。
注意--enable-float代表编译单精度版本FFTW。如果是给双精度Gromacs用的，应该把--enable-float去掉。
**** 编译MPI版的方法
去http://www.open-mpi.org下载openmpi，这里用1.6.5版。解压并进入目录后运行
./configure
make all install
然后在cmake时加上-DGMX_MPI=on即可。编译出来的文件都带着_mpi后缀，因此和单节点并行的版本可以装到一起，不会冲突。
注：Gromacs充分对主流的CPU支持的SIMD指令集进行优化，编译时会自动检测CPU架构，采用适当的编译选项，充分利用支持的指令集达到最佳性能。因此，如果几个机子的CPU架构不同，不要把编译好的Gromacs程序直接互拷，否则运行会出问题。
Gromacs 4.6.7
编译方法和5.0基本没有任何差异，下面只是简要写写，具体请参考上面的内容。
编译条件：RHEL6-U1 64bit, Q6600, root。
gmx 4.6开始完全使用cmake而不用./configure。必须有cmake 2.8及以上。MKL、icc不需要装。单机并行不用装MPI库，跨节点运行可以用openMPI或mpich。安装方法参考了http://www.gromacs.org/Documentation/Installation_Instructions。
到这里下载最新的cmake源代码：http://www.cmake.org/cmake/resources/software.html
解压cmake，进入其目录，运行./make install，就被安装到了/usr/local/bin下面。删掉cmake目录。
tar -zxf gromacs-4.6.7.tar.gz解压之，进入gmx的解压目录
mkdir build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/sob/gromacs467
make install
在make过程中gmx会自动下载fftw3.3.2并编译之。下载和编译总共只耗时&3分钟。程序被安装到了/sob/gromacs467。删掉gmx安装包及解压目录。
如果要编译双精度版本，cmake的时候写上-DGMX_DOUBLE=ON。此时不兼容GPU加速。编译出来的可执行文件默认都带着_d后缀。
**** CUDA版安装方法
安装CUDA toolkit。其它同上，区别仅是cmake这一步：
cmake .. -DGMX_GPU=ON -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-5.5 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/sob/gromacs467gpu
**** 自己装fftw的情况
解压fftw3.3.2，进去，运行
./configure --prefix=/sob/fftw332 --enable-sse2 --enable-float --enable-shared
make install
然后gmx里的cmake步骤改为
export CMAKE_PREFIX_PATH=/sob/fftw332
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/sob/gromacs467
如果用于编译双精度gmx，--enable-float应去掉
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