RNA原位杂交怎样检测细胞因子，这个图怎么做出来的？

点击联系发帖人 时间：2022-05-14 10:00

细胞因子的特点

编译：风道恋海，编辑：十九、江舜尧。

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在脊椎动物中，造血发生的不同部位是由内在和外在的因素综合决定的。先前的研究已经揭示了许多线性和二维的调节机制。然而，尚未建立任何给定造血器官的多维转录图谱。本文研究者使用多种RNA测序（RNA-seq）方法，包括细胞类型特异性、时间体RNA-seq、活体GEO-seq和单细胞RNA-seq（scRNA-seq），来描述斑马鱼尾侧造血组织（CHT）中造血干细胞和造血祖细胞（HSPC）扩增过程中的详细空间与时间上的转录组。组合表达谱分析表明，在CHT部位中，HSPC及其邻近的支持细胞受共有的信号通路和内在因素（如整合素信号和Smchd1）共同调控。此外，scRNA-seq分析揭示了细胞周期状态与HSPC分化之间存在紧密联系。综上所述，该研究报告了一个全局上转录组景观，为了解完整脊椎动物造血器官中HSPC的发生提供了宝贵的见解和丰富的资源。

），以帮助该领域的科研人员进一步研究CHT造血器官（图6C）。该网站提供时间空间上、高分辨率的转录组信息，覆盖在HSPC增殖过程中斑马鱼CHT表达的21588个基因。这些数据被整理成一个综合和互动的三维转录组简介，即iCHT图谱。综上，该网站提供了以下服务：（1）可视化三维表达模式、有或无单细胞转录组映射的二维corn图以及所有基因的时间序列表达模式；（2）将单个查询样本映射到三维位置；（3）使用预定义的表达模式查询感兴趣的基因（图6C）。

图6 斑马鱼CHT的转录组重建

（A）示意图，CHT中HSPC与微环境细胞之间的调节网络。

通过绘制9个单细胞簇映射到GEO-seq数据的corn图，显示每个GEO区域中每个单细胞簇的概率。

（C）用于查询每个基因的表达谱的网站（包括按基因搜索表达谱、按基因搜索基因、按表达谱搜索基因和编码图谱）。

在本研究中，研究者利用多维转录组分析，结合功能验证，解剖完整的造血器官中HSPC的增殖。多种测序方法的应用绘制了斑马鱼CHT组织时间和空间上的高分辨率（单细胞水平）的转录组景观。

对一个重要器官进行系统研究，首要任务是解剖其主要组成部分，了解其内部调控网络。以往对HSPC及其生态位的研究主要集中在细胞-细胞之间和相互信号转导。然而，造血器官内的全球微环境的调节机制仍不明确。本文对斑马鱼CHT的研究中，基于GEO-seq的分泌组学分析不仅揭示了近端组织（CA和CV）的信号交流（如CVP区域的EC-HSPC），而且还揭示了远端组织（肌肉和神经，如神经HSPC）的相互作用。

为了全面了解器官形成的动态发展过程，我们进行了时间维度上的转录组分析，结果表明HSPC和微环境细胞的转录组呈现出从52hpf到4dpf的同步转变。在每个阶段，HSPC和微环境细胞都有一组特定的共表达基因。例如，3dpf处的CHT-ECs和HSPCs共享一系列与RNA、DNA合成和细胞周期相关的基因，提示HSPCs伴随着其微环境细胞呈主动增殖状态。此外，利用scRNA-seq构建完整器官的高分辨率转录组图谱，揭示了不同生态位细胞类型和HSPC之间的复杂调控网络，如基质细胞（C6）-HSPC和肌上皮细胞（C8）-HSPC相互作用。综上所述，CHT中HSPC的发育受到多种分子机制的调节，从而导致HSPC在常驻微环境中的稳定增殖。

研究者观察到C0和C4中的HSPC可根据其转录组状态分为5个亚群，并且这些转录不同的亚群具有不同的细胞周期状态，这表明细胞周期状态和血统分化输出之间可能存在联系。以往的研究一致表明，谱系特异性基因表达的细胞周期调节是干细胞分化的原因。因此，在HSPCs的快速扩张和分化过程中，可能存在细胞周期的调控。或者，细胞周期状态的改变可能是干细胞逐渐向血统受限的祖细胞承诺的伴随现象。因此，需要进一步研究细胞周期状态与HSPC分化的确切关系。总之，该研究的数据证明了微环境与HSPC相互作用的复杂性，并重建了完整造血器官的3D转录组，为体内造血研究提供了分子框架。

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摘　　要：免疫组织化学是目前病理科应用最为广泛的常规检测技术．在肿瘤病理诊断、治疗及预后评估等方面发挥了重要作用。但是，作为一项检测技术，免疫组织化学必然有其使用局限性．主要包括一些指标缺乏特异性抗体、抗体灵敏度低或染色效果不佳导致结果不确定等。

分类号：[医药卫生—肿瘤]

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